Nicht nur die Bezeichnung der Verzeichnisse, sondern auch dessen Rangordnung innerhalb der gesamten Verzeichnisstruktur spielt eine Rolle. Je tiefer ein Dokument in der Webstruktur steht, desto geringer ist derer Bedeutung und wird vom Webcrawler als weniger wichtig angesehen.

Manche Suchmaschinen indexieren nur bis zu einer gewissen Tiefe. Darum sollte beim Vergeben der Verzeichnisse darauf geachtet werden, dass sie nicht endlos Tief wird. Mehr als drei oder vier Verzeichnisebenen sollten es nicht werden.

Für Google und Yahoo spielt die Tiefe nur eine sekundäre Rolle. Beide Suchmaschinen indexieren Webseiten nach dem sogenannten Tiefensuche. Tiefensuche bedeutet, dass der Webcrawler solange indexiert, bis er auf eine Seite keinen Link mehr findet und nicht mehr tiefer kann. Dies bedeutet, dass Google immer die kompletter Webseite indexiert.